在飞地经济合作协议中，如何约定飞地经济合作的知识产权保护通常需要按照以下方式进行：

1.明确约定知识产权保护：明确约定知识产权保护，包括知识产权保护的目的、范围、方式等方面的内容，以及各方在合作中应享有的知识产权保护等。

2.列出具体的知识产权保护：明确约定具体知识产权保护，包括知识产权保护的时间、方式、范围等方面的内容，以及各方在合作中应享有的具体知识产权保护等。

3.进行详细的解释：明确约定详细的知识产权保护，包括对知识产权保护的时间、方式、范围等方面的内容，以及各方在合作中应享有的具体知识产权保护等进行详细的解释说明。

4.确定具体的知识产权保护期限：明确约定具体的知识产权保护期限，包括知识产权保护的起止时间、知识产权保护的期限等方面的内容，以及各方在合作中应享有的知识产权保护期限等。

5.进行风险的约定：明确约定合作中可能面临的风险，包括知识产权保护风险、合作中可能面临的风险等方面的内容，以及各方在合作中应承担的风险等。

总之，飞地经济合作协议中需要明确约定知识产权保护、具体的知识产权保护、知识产权保护期限、风险等方面的内容，以确保各方在合作中能够合理约定知识产权保护，避免不必要的知识产权保护争议和损失。