在飞地经济合作协议中，如何约定合作双方的争议解决方式通常需要按照以下方式进行：

1.明确约定争议解决方式：明确约定合作双方的争议解决方式，包括调解、仲裁、诉讼等方面的内容，以及各方在合作中应享有的争议解决方式等。

2.列出具体的争议解决方式：明确约定具体争议解决方式，包括调解、仲裁、诉讼等方面的内容，以及各方在合作中应享有的具体争议解决方式等。

3.进行详细的解释：明确约定详细的争议解决方式，包括对争议解决方式的适用范围、程序、程序费用等方面的内容，以及各方在合作中应享有的具体争议解决方式等进行详细的解释说明。

4.确定具体的赔偿和补偿方式：明确约定具体的赔偿和补偿方式，包括对争议中的损失、赔偿和补偿等方面的内容，以及各方在合作中应享有的具体赔偿和补偿方式等。

5.进行证据的约定：明确约定各方在争议解决过程中需要提供的证据，包括证据的种类、来源、真实性等方面的内容，以及各方在合作中应享有的证据等。

总之，飞地经济合作协议中需要明确约定争议解决方式、具体的争议解决方式、赔偿和补偿方式、证据等方面的内容，以确保各方在合作中能够合理约定争议解决方式，避免不必要的争议和损失。